| 个体的组织同一性有两个例外，一是同一个体的不同组织之间可能存在DNA分子甲基化的差异，如果应用对甲基化敏感的限制酶作RFLP分析，不能切割已经甲基化的限制酶识别点，导致不同组织的图谱不一致。可以换用对甲基化不敏感的限制酶如HaeⅢ来解决甲基化差异的问题。另一个例外是癌变组织的RFLP图谱常表现为片段的丢失或片段的密度改变，或出现额外的异常片段。这与肿瘤组织DNA的异常扩增或染色体的丢失有关。
群体遗传学特tiE每一个体的多基因座RFI_P图谱由l0—30条片段组成亲子鉴定分析图谱中具体的一条片段，可能有三种情况：①来自某基因座两个杂合子等位基因中o<J-个；②某纯合子基因座上两个长度相同的等位基因；③来自多个基因融i上长w相等的等位基因·重合在一起成为一条片段。因此在多基因座RFLP图谱上t既无法判定各靶基因座的基因型，也无法确定数十条片段中哪两条片段是来自同_AI基因座。所以亲子鉴定不能按HH传统的群体遗传学方法调查人群中等位基因数和e_ir:i|等位基因的频率。图谱中3.Of-23. Okb范围内数十条片段显然只是探钎检测的靶基因中的一小部分·所以也无法准确估计图谱中有多少小卫星VNTR基因座和等位基因被漏检了。因为DNA指纹图谱的特殊性和复杂性，它的分析方法和统计学计算原则与常规的遗传标记系统是不相同的。
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